Pelanggaran hak asasi manusia dapat terjadi dalam interaksi antara aparat pemerintahan dengan masyarakat dan antar warga masyarakat. Tetapi, yang sering terjadi di Indonesia adalah antara aparat pemerintah dengan masyarakat.
Berikut ini contoh kasus-kasus pelanggaran HAM yang mendapatkan perhatian yang serius dari pemerintah dan khususnya masyarakat Indonesia sendiri.
1. Kasus Talang Sari di Lampung pada tahun 1989.
2. Kasus Tanjung Priok pada tahun 1984.
3. Kasus terbunuhnya wartawan Udin dari Harian Bernas.
4. Kasus terbunuhnya Mursinah, seorang pekerja wanita tahun 1993.
5. Peristiwa penculikan para aktivis politik.
6. Peristiwa Trisakti tahu 1998.
7. Peristiwa Aceh.
8. Peristiwa kerusuhan Ambon.
9. Peristiwa Timor-Timur.
10.Peristiwa Dayak-Madura.
11. Dan ini yang signifikan terjadi saat ini, yaitu masalah TKI di Malaysia.